醋酸乙酯毒性很微，大鼠经口LD50为5600mg/ng，对大鼠的半数致死量以次为14.13g/kg和11.3ml/kg。可以作为芬芳调味剂。但对粘膜有中等程度的刺激作用。必要接触高浓度时，可引起眼、鼻、咽喉和呼吸道刺激症状，高浓度吸入可进行麻醉作用，急性肺水肿，肝、肾损害。持续大量吸入，可致呼吸麻木。误服者可产生恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。有致敏作用，因血管神经障碍而致牙龈出血；可致湿疹样皮炎。慢性影响：长期接触本品有时可致角膜混浊、继发性贫血、白细胞增多等。